ماموریت صندوق زیست فناوری ارتقای سطح زیست فناوری در کشور از طریق دستیابی به اهداف زیر می‌باشد:حمایت از کسب‌ و کارهای فناورانه و نوآورانه؛تامین منابع مالی به منظور سرمایه‌گذاری و مشارکت در طرحها و پروژه های نوآورانه؛تجاری‌سازی طرح‌های نوآورانه و مشارکت در پروژه‌های حوزه زیست فناوری؛رفع موانع و مشکلات پیش روی شرکتها در مسیر تجاری‌سازی و تولید؛کمک به توسعه بازار محصولات زیست فناوری؛