ایده و طرح مرکز نوآوری و فناوری آب، محیط زیست و انرژی در بهار سال 1397 توسط جمعی از صاحب نظران و خبرگان زیست‌‏بوم نوآوری کشور شکل گرفت و طی چندین جلسه هم اندیشی با اهداف پویا‏سازی، توانمندسازی و بکارگیری فارغ التحصیلان و نخبگان کشور و نیز توسعه کسب و کار و ارزش آفرینی در حوزه‏‌های آب، محیط‌‏زیست و انرژی شروع به کار کرد.